安装

  1. 安装之前要检查是否存在旧版本gromacs,避免出现环境变量冲突。
  2. 可通过conda或者docker快速安装gromacs，但是，这样的安装方式存在局限性，版本选择不灵活，而且容易出现bug,比如不能运行charmgui搭建的模拟体系，这种安装方式适合入门时学习tutorial，快速把Gromacs运行起来。
  3. 源码编译安装是最推荐的一种安装gromacs的方式，编译安装的gromacs最契合运行的硬件，bug少，运行稳定，可非常自由的选择安装版本以及相关配置，缺点是安装过程容易报错。在编译安装的时候，最关键的是gcc编译器版本，ubuntu下通过创建合适的gcc conda环境解决与系统自带gcc版本冲突的问题，centos可通过update-alternatives工具实现gcc多版本控制。
  4. 在选择安装版本的时候，应该考虑服务器的配置，如果有gpu,那就安装gpu版本的，纯cpu版本的模拟速度远落后于cpu加速版本，gromacs任务属于是计算型任务，算法简单，gpu可以分担大部分计算。

体系搭建

  1. 搭建蛋白md体系最重要的是选择合适的输入文件。开始搭建体系之前，要检查蛋白骨架是否完整，氨基酸残基的氢原子是否补全，文件格式是否正确等等，检查的越仔细，后面的体系搭建越顺利，检查方式在此不具体展开。蛋白过大，服务器有没有gpu加速的情况下，可以考虑截取蛋白，但是，一定要慎之又慎，不同的研究问题面对的情形不一样，如何截取需具体分析。
  2. 神器charmmgui可非常快速的搭建体系，下载体系之后只需修改一些文件内容(README脚本,mdp文件等),即可运行。此外,相较于自己从头搭建的模拟体系，charmgui胜在产出体系稳定，除了一些非常特别的体系之外（如金属蛋白），普通的蛋白-小分子、蛋白-蛋白md体系搭建直接无脑charmmgui。

运行

  1. 在运行所需要时间较长的任务时，应该在后台运行（nohup csh README > md.log 2>&1 &，保险起见，可连用disown），防止终端关闭任务停止。
  2. 在停止nohup命令提交到后台的gromacs任务时，用top工具找到gmx 或者 gmx_mpi的PID,kill之后，便可停止整个任务。

本文持续补充。。。